แม่น้ำปราจีนบุรีเป็นแม่น้ำสายสำคัญสายหนึ่งในภาคตะวันออกของประเทศไทย ซึ่งอยู่ในเขตพื้นที่ลุ่มน้ำบางประกง สภาพทั่วไปของลุ่มน้ำบางประกงโดยรวมนั้น ครอบคลุมพื้นที่เขตการปกครอง 6 จังหวัด ได้แก่ ปราจีนบุรี สระแก้ว ชลบุรี จันทบุรี ฉะเชิงเทรา และนครนายก พื้นที่ส่วนใหญ่อยู่ในเขตจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดสระแก้ว มีพื้นที่ลุ่มน้ำประมาณ 20,303 ตารางกิโลเมตร

แม่น้ำสายหลักในลุ่มน้ำ ได้แก่ แม่น้ำปราจีนบุรีซึ่งเป็นน้ำสาขาของแม่น้ำบางปะกง เกิดจากการไหลมาบรรจบกันของแม่น้ำ 2 สาย คือ แม่น้ำหนุมานและแม่น้ำพระปรงซึ่งรวมกับคลองพระสะทึง โดยทั้งสองสายมาบรรจบกันที่อำเภอกบินทร์บุรี จังหวัดปราจีนบุรี แล้วไหลผ่านอำเภอศรีมหาโพธิ์ อำเภอเมืองปราจีนบุรี อำเภอบ้านสร้าง จังหวัดปราจีนบุรี ไปบรรจบกับแม่น้ำนครนายก ที่อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา กลายเป็นแม่น้ำบางปะกงก่อนไหลลงสู่อ่าวไทยที่จังหวัดฉะเชิงเทรา

เนื่องจากสภาพภูมิประเทศของลุ่มน้ำบางปะกงตอนบน เป็นที่ราบสูง และป่าทึบสลับซับซ้อนและเป็นแหล่งกำเนิดต้นน้ำหลายสาย ทิศเหนือเต็มไปด้วยเทือกเขา มีลำน้ำแควหนุมานและแควพระปรงมาบรรจบกันที่อำเภอกบินทร์บุรีเป็นแม่น้ำปราจีนบุรี และไหลลงตอนล่างเป็นที่ราบลุ่มแม่น้ำบางปะกง ลักษณะพื้นที่ในลุ่มน้ำมีแหล่งเก็บกักน้ำน้อยมากและความสามารถในการระบายน้ำของลำน้ำไม่เพียงพอทำให้เกิดปัญหาน้ำท่วม และภัยแล้งเป็นประจำเกือบทุกปี และจากสภาพต้นน้ำที่ลาดชัน กับทั้งมีปริมาณน้ำเก็บกักเพียง 3 เปอร์เซ็นต์ ของน้ำท่ารายปีและไม่มีอาคารบังคับน้ำที่เพียงพอ ในทุกปีเมื่อเข้าช่วงฤดูแล้งพื้นที่ลุ่มน้ำบางประกงจึงประสบปัญหาน้ำแล้งและน้ำเค็มจากน้ำทะเลหนุน

จากเหตุการณ์น้ำท่วมปี 2556 นายกรัฐมนตรีและคณะได้ลงพื้นที่เพื่อติดตามสถานการณ์ที่เกิดขึ้นในจังหวัดปราจีนบุรีเมื่อวันที่ 29 กันยายน 2556 และได้สั่งการให้กรมชลประทานพิจารณาเสนอแนวทางแก้ไขปัญหาอุทกภัยที่เกิดขึ้นในจังหวัดปราจีนบุรี สำนักบริหารโครงการได้พิจารณาปัญหาที่เกิดขึ้นในแม่น้ำปราจีนบุรีแล้วจึงเห็นควรดำเนินการศึกษาความเหมาะสมและวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม โครงการบรรเทาอุทกภัยและภัยแล้งในแม่น้ำปราจีนบุรีและแม่น้ำสาขาจังหวัดปราจีนบุรี

ทั้งนี้ กรมชลประทานได้มอบหมายให้กลุ่มบริษัทที่ปรึกษาฯ จัดทำรายงานการศึกษาความเหมาะสมโครงการก่อสร้างคลองผันน้ำและประตูระบายน้ำที่เกี่ยวข้องเพื่อแก้ไขปัญหาในพื้นที่ อ.กบินทร์บุรี จ.ปราจีนบุรี โดยรายงานฯ แล้วเสร็จเมื่อเดือนกันยายน 2559

ปี 2567 กรมชลประทาน ได้ว่าจ้างให้กิจการร่วมค้า FCSPB JV ซึ่งประกอบด้วย บริษัท ฟลัดเวย์ จำกัด บริษัท คาแนล ออโตเมชั่น ซิสเต็ม จำกัด บริษัท ศุภฤกษ์ แพลนนิ่ง แอนด์ ดีไซน์ จำกัด บริษัท บียอนด์ คอนซัลแตนท์ จำกัด บริษัท พิสุทธิ์ เทคโนโลยี จำกัด  ดำเนินการสำรวจ ออกแบบโครงการบรรเทาอุทกภัยและภัยแล้งในแม่น้ำปราจีนบุรีและแม่น้ำสาขา จังหวัดปราจีนบุรี ประกอบด้วย โครงการย่อย 3 โครงการ ในพื้นที่ลุ่มน้ำบางปะกง คือ